El utrerano llegó al Sevilla FC de la mano del entonces presidente Roberto Alés y su director deportivo, Ramón Rodríguez Verdejo, Monchi, a comienzos de la temporada 2000/01, con el único objetivo de intentar el asalto definitivo a Primera División. Durante este primer ejercicio, Caparrós lograría el ansiado ascenso, proclamándose campeón de Segunda División de forma holgada.

A lo largo de las siguientes cuatro temporadas al frente del banquillo sevillista, el utrerano no sólo consiguió afianzar al Sevilla FC en la máxima categoría, sino también clasificarlo para la disputa de la Copa de la UEFA en dos ocasiones. Precisamente, sería la segunda de ellas, la lograda al final de su última temporada en el club, la que supondría, un año después, la conquista del primer título europeo para las vitrinas de la entidad.

Casi 13 años después de su marcha, Caparrós regresó al club en abril de 2018, tras la destitución de Vincenzo Montella. A sólo tres jornadas para la finalización del campeonato, más el duelo aplazado ante el Real Madrid, la misión del utrerano era clasificar al equipo para la UEFA Europa League. Lo hizo incluso con una jornada de sobra, consiguiendo tres victorias y un empate. Al cierre de la temporada se anunció su paso a los despachos como director de fútbol de la entidad.

En marzo de 2019 comienza su tercera etapa a cargo del banquillo sevillista, tras la destitución de Pablo Machín, dejando su puesto como director de fútbol del club. Con un balance de seis victorias, un empate y cuatro derrotas en las once últimas jornadas ligueras, ata la sexta posición que permite al Sevilla FC la clasificación directa para la fase de grupos de la UEFA Europa League.

El día 13 de abril de 2025, tras la destitución de García Pimienta, se anunció su regreso a Nervión para dirigir de nuevo al primer equipo, ahora como flamante “II Banquillo de Oro Ramón Encinas”, logrando finalmente asegurar la permanencia en la máxima categoría del fútbol español.

Joaquín Caparrós | Sevilla FC