El ex jugador sevillista accede al puesto de entrenador de la primera plantilla tras la marcha de Carlos Salvador Bilardo, cuando apenas quedaba un tercio del campeonato liguero por disputar. Bajo su dirección, el equipo comenzó a mostrar síntomas de mejoría que hicieron albergar alguna esperanza de salvación, pero el pesado lastre heredado haría imposible la ansiada remontada en la tabla clasificatoria, abocando a la entidad a un trágico descenso de categoría en el Carlos Tartiere ovetense.
Ya en Segunda División, Julián Rubio comenzaría dirigiendo la nave sevillista durante la temporada 1997/98, pero tras un comienzo esperanzador, una serie de resultados desfavorables que sacaron al equipo de los puestos de ascenso y promoción a la máxima categoría, provocarían la destitución del técnico albaceteño, que sería sustituido en el cargo por Vicente Miera.