El guipuzcoano Unai Emery fue presentado como sustituto de José Miguel González, Míchel, el el 15 de enero de 2013, permaneciendo en la entidad nervionense hasta el final de la temporada 2015/16.
En el verano de 2013 a Emery se le asignó el complicado reto de devolver al Sevilla a la zona de privilegio con un equipo prácticamente nuevo que durante el verano había perdido a sus principales estrellas como Jesús Navas, Álvaro Negredo, Kondogbia o Gary Medel, entre otros. El técnico vasco, tras un difícil arranque, consiguió orientar con éxito a la renovadísima plantilla que se le asignó y logró llevar al equipo a una quinta plaza y al campeonato de la UEFA Europa League de 2014. En las dos campañas posteriores, pese a los múltiples cambios efectuados en la plantilla, mantuvo al Sevilla arriba y ganó otras dos UEFA Europa League -2015 y 2016-, así como disputó tres finales de Supercopa de Europa y una de Copa del Rey ante el FC Barcelona en mayo de 2016, que acabó perdiendo en la prórroga.
Bajo su mando, en la 14/15 el Sevilla FC logró su mejor puntuación histórica en Liga (76 puntos), que sin embargo sólo valió para ser quintos. Con 106 victorias en su haber, Unai Emery es el entrenador con más triunfos en competición nacional e internacional.