Esos serían los últimos cinco minutos de Moya en un Sevilla FC al que había pertenecido en dos etapas diferentes. Vistió la camiseta nervionense por primera vez un 5 de septiembre de 1993 ante el Real Zaragoza en La Romareda (1-2); etapa a la que puso fin en mayo de 1996 con otra victoria, esta vez en el Sánchez-Pizjuán ante la UD Salamanca (3-1). Se despidió con 117 partidos a sus espaldas, 23 goles y dos asistencias.
En su primera etapa, Moya defendió el escudo sevillista en 117 ocasiones
Tras pasar por Valencia y Mallorca, el de Alcalá de Henares volvía a la casa sevillista el verano de 1998, con un Sevilla FC que sacar de Segunda División. Moya adoptó el papel de jugador revulsivo, ofreciendo un notable rendimiento, llegando a participar en 33 encuentros, en los que marcó cuatro goles. De hecho, jugaría un papel crucial en la última jornada de liga, donde el Sevilla FC se jugaba el ascenso en La Rosaleda frente al Málaga con la imperiosa necesidad de ganar. Moya, a la hora de juego y con 0-0 en el marcador, forzó un penalti que transformaría Vasili Tsartas.
El madrileño forzaría un penalti clave ante el Málaga en la última jornada de la 98/99
Con el conjunto nervionense de vuelta a Primera, la siguiente campaña (99/00) sumó 10 partidos en Primera División y un tanto.
En total, Gabi Moya defendió el escudo sevillista en 176 ocasiones (149 de liga tanto en Primera como en Segunda) y brindó 24 goles a los nervionenses, siendo el Sevilla FC el club donde mayor y mejor rendimiento aportó.