El técnico manchego recala en la entidad de Nervión a comienzos de la temporada 2005/06 para suplir la marcha de Caparrós, manteniéndose al frente del primer plantel hasta finales de octubre de 2007, cuando decide abandonar el club rescindiendo unilateralmente su contrato.

Durante su exitosa etapa, el Sevilla FC logra proclamarse dos veces campeón de la Copa de la UEFA (2006 y 2007), campeón de la Supercopa de Europa (2006), campeón de España (2007), campeón de la Supercopa de España (2007) y ser designado Mejor Club del Mundo por parte de la IFFHS en 2006 y 2007. Bajo su dirección el Sevilla FC peleó el título de Liga en la 06/07 hasta la última jornada. Es el entrenador más laureado en la historia del Sevilla FC.

El utrerano llegó al Sevilla de la mano del entonces presidente Roberto Alés y su director deportivo, Ramón Rodríguez Verdejo, Monchi, a comienzos de la temporada 2000/01, con el único objetivo de intentar el asalto definitivo a la Primera División. Durante este primer ejercicio al frente del primer equipo, Caparrós lograría el ansiado ascenso proclamándose campeón de Segunda División de forma holgada.

A lo largo de las siguientes cuatro temporadas en el banquillo sevillista, el utrerano no sólo consiguió afianzar al Sevilla en la máxima categoría, sino también clasificarlo para la disputa de la Copa de la UEFA en dos ocasiones. Precisamente, sería la segunda de ellas, la lograda al final de su última temporada en el club, la que le supondría, un año después, la conquista del primer título europeo para las vitrinas de la entidad.

Casi 13 años después de su marcha, Caparrós regresó al club en abril de 2018 tras la destitución de Vincenzo Montella. A sólo tres jornadas para terminar el campeonato más el duelo aplazado ante el Real Madrid, la misión del utrerano era clasificar al equipo para la UEFA Europa League. Lo hizo incluso con una jornada de sobra, consiguiendo tres victorias y un empate. Al cierre de la temporada se anunció su paso a los despachos como director de Fútbol del club.

En marzo de 2019 comienza su tercera etapa a cargo del banquillo sevillista tras la destitución de Pablo Machín, dejando su puesto como director de Fútbol del club. Con un balance de seis victorias, un empate y cuatro derrotas en las once últimas jornadas ligueras, ata la sexta posición que permite al Sevilla FC la clasificación directa para la fase de grupos de la UEFA Europa League.

El santanderino llega a Nervión en enero de 1999 para sustituir a Fernando Castro Santos al frente del primer equipo del Sevilla FC, cuando este se encontraba rondando los puestos de mitad de la tabla. Con Marcos Alonso el Sevilla protagoniza una excelente segunda vuelta de campeonato, que acabaría con la disputa de un dramático encuentro en Málaga donde una victoria otorga al club sevillista la posibilidad de jugarse el todo por el todo en la promoción de ascenso a Primera División frente al Villarreal. Aquel memorable duelo supondría el retorno del Sevilla FC a la máxima categoría.

El periplo de Marcos Alonso como entrenador del conjunto nervionense finalizaría en el mes de marzo del año 2000, tras la disputa de la vigésimo séptima jornada liguera, cuando el conjunto sevillista se encontraba último clasificado y prácticamente abocado a un nuevo descenso. Su sustituto sería Juan Carlos Álvarez, que por tercera vez se hacía cargo del banquillo blanquirrojo.

Avalado por su experiencia en ascensos con el Compostela, el pontevedrés Fernando Castro Santos llega a Sevilla en enero de 1998 para suplir a Juan Carlos Álvarez al frente del primer plantel sevillista. Tras un fallido primer intento por lograr el ansiado ascenso a la máxima categoría del fútbol español, Castro Santos sería cesado a mediados de la siguiente temporada, la 1998/99, siendo sustituido por Marcos Alonso.

El cántabro accede al cargo de entrenador del primer equipo sevillista en sustitución de Julián Rubio, tras la disputa de la sexta jornada del campeonato de Segunda División de la temporada 1997/98. Su contratación, sin embargo, no lograría la reacción esperada por parte del conjunto nervionense, por lo que, tras un breve periodo en el club, sería cesado en el cargo, siendo sustituido por Juan Carlos Álvarez.

El ex jugador sevillista accede al puesto de entrenador de la primera plantilla tras la marcha de Carlos Salvador Bilardo, cuando apenas quedaba un tercio del campeonato liguero por disputar. Bajo su dirección, el equipo comenzó a mostrar síntomas de mejoría que hicieron albergar alguna esperanza de salvación, pero el pesado lastre heredado haría imposible la ansiada remontada en la tabla clasificatoria, abocando a la entidad a un trágico descenso de categoría en el Carlos Tartiere ovetense.

Ya en Segunda División, Julián Rubio comenzaría dirigiendo la nave sevillista durante la temporada 1997/98, pero tras un comienzo esperanzador, una serie de resultados desfavorables que sacaron al equipo de los puestos de ascenso y promoción a la máxima categoría, provocarían la destitución del técnico albaceteño, que sería sustituido en el cargo por Vicente Miera.

Tras un meteórico comienzo de carrera como entrenador, José Antonio Camacho llegaría al Sevilla en verano de 1996, de la mano del presidente José María González de Caldas. Su ilusionante fichaje, al igual que el de una serie de jugadores para remozar la plantilla, no dieron, sin embargo, el fruto deseado. De este modo, con el equipo ocupando el decimonoveno puesto en Liga y eliminado de la Copa del Rey, el técnico de Cieza abandonaría el cargo en febrero de 1997, tras caer frente a la Real Sociedad por un resultado de 2-3, en un encuentro en el que el conjunto sevillista ganaba 2-0 a falta de tan sólo seis minutos.

Tras el cese de Toni Oliveira, el presidente Francisco Escobar nombró al ex jugador sevillista como nuevo entrenador del primer plantel. Durante su permanencia al frente del equipo, el Sevilla lograría eliminar al Olympiakos griego en la segunda ronda de la Copa de la UEFA, cayendo posteriormente frente al FC Barcelona. En el campeonato liguero, tras unos comienzos dubitativos y una posterior reacción del equipo, una serie de malos resultados provocarían su destitución a comienzos de 1996.

Juan Carlos Álvarez volvería a dirigir al Sevilla hasta en dos ocasiones más a lo largo del último lustro del siglo XX. Durante la temporada 1997/98, en un último intento por asaltar el ansiado ascenso a Primera División, Álvarez sustituiría a Vicente Miera, quien a su vez ya había sustituido a Julián Rubio. Sin embargo, el Sevilla FC finalizaría el campeonato en séptimo lugar, lejos de los puestos que daban derecho al gran objetivo de ascender de categoría. Apenas un par de años después, durante la temporada 1999/00, ya con el Sevilla en Primera División, Juan Carlos Álvarez volvería a ser requerido por la directiva del club nervionense para colocarse al frente del primer equipo, que se encontraba ocupando el farolillo rojo en la tabla clasificatoria. Durante esta tercera y última etapa como entrenador de la primera plantilla, a pesar de los esfuerzos en la labor del asturiano, el Sevilla se mantendría como último clasificado hasta el final de temporada, certificando así su descenso a Segunda División.

Tras una exitosa carrera en su país, el técnico portugués llegó al Sevilla FC en el verano de 1995 de la mano del entonces presidente Luis Cuervas. Con un equipo lastrado deportivamente por los acontecimientos vividos a raíz del descenso administrativo a Segunda División B, los malos resultados durante las primeras jornadas del campeonato liguero forzaron su cese en octubre de ese mismo año, a pesar de haber superado la primera eliminatoria de la Copa de la UEFA frente al Botev Plovdiv.

Con la intención de mejorar los resultados anteriores, el club convino en contratar a un entrenador con dilatada experiencia, considerando a Luis Aragonés como el más propicio para ocupar el cargo. El Sabio de Hortaleza dirigió al equipo en las temporadas 1993/94 y 1994/95. El primer año obtuvo una meritoria sexta posición, mientras que en su segunda temporada consiguió la quinta plaza que, sumada al gol del deportivista Alfredo, dio acceso a poder jugar Copa de la UEFA.